如果女性检查彩超发现有卵巢巧克力囊肿，这时怎么进行治疗主要根据巧克力囊肿的大小，以及女性的年龄情况来综合判断。

比如女性年龄已经超过45岁，而且卵巢巧克力囊肿小于3厘米，可以不用做手术治疗，只是在月经来潮期间，服用止痛药进行对症止痛治疗，因为这类女性很快会绝经，绝经以后巧克力囊肿就会自然萎缩。

但如果是生育年龄的女性，出现卵巢巧克力囊肿，而且巧克力囊肿已经超过5厘米，需要考虑进行腹腔镜手术切除治疗，在手术后为了预防巧囊的复发，还需要肌注亮丙瑞林。