根治的办法主要考虑手术治疗，单个的巧克力囊肿如果超过5厘米以上，建议可以考虑做手术，但是手术以后也容易复发，所以手术以后还应当常规的应用药物治疗。卵巢巧克力囊肿是因为有子宫内膜异位症造成的，因为异位的内膜，侵犯到卵巢皮质，在其内生长，并且反复的周期性出血，形成单个或者多个囊肿，因为里面的血液是陈旧性的，颜色发黑发暗，类似于巧克力状，所以称之为巧克力囊肿。巧克力囊肿如果破裂以后很容易造成腹膜或者邻近脏器发生炎性反应造成盆腔黏连。这也是造成继发性不孕症的主要原因。