胆管结石的很多患者平时一般无症状或仅有上腹不适，当结石造成胆管梗阻时可出现腹痛或黄疸，如继发胆管炎时，可有较典型的Charcot三联征、腹痛、寒战高热、黄疸。其中腹痛多发生在剑突下或右上腹，多为绞痛，呈阵发性发作或为持续性疼痛阵发性加剧，可向右肩或背部放射，常伴恶心、呕吐。

胆管梗阻继发感染导致胆管炎，细菌进入体循环引起全身性感染，病人可在病程中出现寒战、高热，胆管梗阻后可出现黄疸。患者可出现尿色变深、陶土样大便和皮肤变黄且瘙痒。