巧克力囊肿跟激素水平一般没有关系，这是因为巧克力囊肿大多是由于子宫内膜异位在卵巢而形成的。由于子宫内膜长在了卵巢上面，这样就容易使这个地方的子宫内膜。在女性的月经周期中发生脱落出血，这样就会逐渐地形成囊肿，这个跟女性的激素水平没有太大的关系，他发生的原因至今还没有完全明白。

但是，绝大部分学者认为它是由于这样的子宫内膜种植在卵巢上面引起的。尤其是在经期同房或者是做人工流产手术的时候，导致了子宫内膜逆流到达卵巢，这样就会引起症状。

另外还有遗传因素、免疫因素都会导致这样的疾病发生，女性的激素水平不稳定，主要会引起月经的改变。