巧克力囊肿的病因迄今为止，还不能明确，但是关于巧克力囊肿的来源，还是有一些说法的，其中没有任何一个说法是跟性激素有关。

巧克力囊肿的来源，有关于种植学说是提的高度最高的，有人认为是因为月经血的逆流到卵巢或者是其他部位，形成子宫内膜异位，导致巧克力囊肿的发生。还有人会认为是淋巴结经脉的播散，发生了异位种植。

还有的人认为跟遗传因素有关系、跟人体的免疫炎症因素有一定的关系，跟生物化学因素的诱导有一定的关系。