巧克力囊肿在年轻女性卵巢功能正常的情况，一般不用药是不会缩小的。

有时候B超检查到卵巢巧克力囊肿有缩小的迹象，常常是和B超检查误差有关，比如有时候会因为测量角度，或者测量手法的影响，而使得最终的结果会减小一些。

如果应用了激素类的药物来抑制雌激素的作用，也是可以有缩小的。如同是绝经之后，雌激素水平下降之后，也是可以有卵巢巧克力囊肿逐渐的萎缩，逐渐的消失的可能。

但是，如果卵巢巧克力囊肿本身体积比较大的情况，建议尽早的做手术治疗的，否则有可能会因此而发生变性，或者发生扭转急性腹痛等情况。