肾病综合症有原发性和继发性两大类。小儿原发性肾病综合症多是微小病变型肾病，病理检查可以区别。

需要鉴别诊断的是继发性肾病综合症，需要与过敏性紫癜性肾炎，乙型肝炎病毒相关性肾炎等疾病相鉴别，部分系统性红斑狼疮性肾炎也是好发于青少年。

过敏性紫癜性肾炎有典型的皮肤紫癫常伴有关节痛、腹痛和黑便，典型的皮疹有助于鉴别诊断。系统性红斑狼疮肾炎免疫学检查可以检查出自身抗体，乙型肝炎病毒相关性肾炎血清乙肝病毒检查阳性可资鉴别。