原发性小肠溃疡很难自愈，原发性小肠溃疡是出现在十二指肠与回肠之间的溃疡性疾病，诊断困难是少见疾病。当有了出现肠穿孔、消化道出血，才会引起重视。

随着科技的发展，胶囊内镜、小肠镜不断发现，诊断率越来越高，可用药物治疗。服用肠溶性非甾体消炎药的应暂时停药，可在治愈后改换其它药物。

可用甲硝唑杀灭厌氧菌及其它小肠致病菌，可选择手术治疗，当有肠梗阻或肠穿孔要急诊手术治疗，消化道出血亦应手术治疗，以病变肠段切除加小肠端端吻合术为主。