对于有长时间使用肠溶性氯化钾或者是肠溶性非甾体类固醇药的，病人需要暂时的停用。但假使是因为原有疾病必须服药的病人，可以考虑在原发性小肠溃疡治愈后，换成其他的药物或者是其他的剂型。

治疗药物方面本病推荐的是甲硝唑，因为这个药物可以杀灭厌氧菌以及其他的小肠致病菌。需要注意的是，如果合并肠梗阻或肠穿孔，就要立即急诊手术予以治疗。

对于存在消化道出血，而内科治疗没有效果的，可以做紧急血管造影来确定出血的部位，通过在局部灌注或栓塞药物来止血。如果仍然止不住出血，就要采取手术治疗。