原发性小肠溃疡治疗方式有药物治和疗手术治疗。

药物治疗：长期使用肠内非甾体抗炎药或肠内氯化钾片，应暂时停止使用，可在改用其它药物后治愈。甲硝唑可用于杀灭厌氧菌和其它肠道致病菌。

手术治疗：对肠梗阻或穿孔的患者应急诊手术治疗，对消化道出血不可控的患者也应手术治疗。主要手术方式为节段切除和端对端肠造口。

其它治疗：胃肠道出血时可根据造影结果进行局部药物灌注或栓塞治疗。

预后：手术效果好，复发少，预后好。