房间隔缺损的原因并不是很清楚，目前认为跟两大因素有关：

第一种，遗传因素。基因或染色体的异常变化会导致房间隔缺损的发生，比如唐氏综合征、18三体综合征等。

另一种，非遗传因素。主要是指在怀孕初期受到病毒感染，比如流感病毒、流行性腮腺炎病毒、某些肠道病毒等。如果怀孕初期接触了射线，或者夫妻双方有吸烟或酗酒等不良嗜好，或者在怀孕早期服用了某些药物，这都可以导致胎儿的房间隔发育障碍，而引起房间隔缺损的先天性心脏疾病。