肛瘘手术时如果操作不当，会引起肛门失禁，主要是高位肛瘘的手术。

高位肛瘘由于瘘管位置偏高，大多是跨过肛门直肠环，而肛门直肠环内有肛门内、外括约肌，如果高位肛瘘患者在手术的过程中，因为手术医生判断不准确，直接将瘘管切开，就有可能会将肛门直肠环内的肛门内、外括约肌完全切断，从而导致术后肛门失禁。

所以，对于一些高位肛瘘不能行瘘管切开术或者瘘管切除术，可以先挂线术或者LIFT手术，就可以最大限度的保留肛门括约功能，防止术后肛门失禁。