肛瘘术后有可能会导致肛门失禁。

一些高位肛瘘，如果手术方式选择不恰当，在手术中过多的损伤了肛门直肠环，就有可能会导致术后肛门失禁。所以高位肛瘘，不能单纯的行瘘管切开或者瘘管切除术，可以采取挂线术或者经括约肌间沟瘘管结扎切断术等手术方式，尽量减少手术时对肛门括约肌的损伤，防止术后肛门失禁。

对于低位肛瘘手术时对肛门括约肌的损伤比较小，所以不会造成肛门失禁。目前对于肛瘘手术括约肌的保护越来越重视，所以术后肛门失禁的发生概率也比较低。