肛瘘手术是可能会造成肛门失禁，特别是手术的过程当中如果解剖层次不清楚或者是手术的创伤过大，使肛门周围的肌肉组织受到了过多的损伤，尤其是切断了肛管直肠环的情况下会出现肛门失禁的情况。

肛瘘的手术本身也属于破坏性的手术，特别是一些根治性的手术需要切断一部分肛门的括约肌，所以在手术之后会造成一部分患者出现肛门失禁的情况。但多是以不完全性的失禁为主，主要就是患者对控制的能力减弱，一般不会造成对粪便失去控制的能力。

肛瘘的手术如果已经造成了肛门的失禁，主要的治疗方法还是需要进行损伤肌肉的修补手术。