怀孕三个多月肚子隐隐作痛，有可能是生理性腹痛导致的，子宫逐渐增大女性体内的激素水平发生变化，也会对子宫韧带造成牵拉，孕妇可能会出现腹部疼痛的症状。

另外，子宫增大时也会使腹部的其他脏器受到挤压，比如肠道、膀胱等，也会出现下腹部微痛感，在稍作休息后疼痛会逐渐缓和。

如果孕妇出现了难以忍受的疼痛感，也有可能是某种疾病导致的。比如子宫肌瘤、急性胰腺炎、胃肠炎等疾病，也会引起孕妇出现腹痛的症状。应该及时前往医院就诊，在医生的指导下对症治疗。