肛瘘瘘管感染是会引起疼痛的。肛瘘本身属于化脓性的疾病，由内口、瘘管和外口三部分组成。当外口引流不畅，外口形成短暂的闭合，大量的感染物质可以经过内口到达瘘管，从而导致瘘管出现感染。瘘管内形成化脓性的脓肿，瘘管内的压力增高，从而引起肛门局部出现疼痛，并有红肿的症状。感染较严重的还可伴有发烧、寒战等全身症状。

当瘘管内的压力增高到一定的程度，外口就会破溃流脓，大量的脓液流出，局部的压力减轻后疼痛可以缓解。

一旦瘘管感染后，需要做手术切开瘘管进行引流，并用抗生素抗感染治疗。