肛周流脓会引起肛瘘，肛周脓肿形成后自行破溃，会在肛周流脓，脓液排出后，脓腔收缩，纤维组织增生，形成炎性通道，形成肛瘘的瘘管。肛窦感染处内口会出现化脓性炎症，形成脓液，经瘘管由肛周外口流出，形成肛瘘。

大多数肛瘘都要经过肛周脓肿的阶段，急性期为肛周脓肿，慢性期形成肛瘘。

肛瘘会出现流脓、疼痛、瘙痒、排便不畅等症状，肛瘘一旦形成，只有手术治疗才能彻底治愈。