男性在小便的时候尿道有刺痛感，有可能是属于泌尿系统本身的炎症，比如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等因素。

另外也有可能是属于泌尿系统有结石样的改变，结石较小，通过尿道排出体外，结石刺激尿道的粘膜，引起局部的刺激性疼痛。有少数患者也有可能是由于尿道里面有息肉或者是其他的占位性病变，挤压尿道，排尿的时候尿液的流动刺激导致的尿道疼痛。

可以先检查一下尿常规、血常规、膀胱B超和前列腺B超，可以确诊是否有感染性因素，导致小便时尿道刺痛。