子宫内膜异位症与卵巢囊肿最主要的区别就是其诱发原因和伴随症状。对于普通卵巢囊肿的女性，可能在囊肿没有破裂或者扭转的情况下，是不会出现特殊的不适症状，而且囊肿生长速度比较慢，大多考虑是由于卵巢分泌的雌孕激素刺激引起。

对于子宫内膜异位症的女性，大多考虑是由于宫腔的内膜组织异位到宫腔外，引起的异常包块，大多会伴有进行性加重的痛经表现。

而且子宫内膜异位症的包块，增长的速度比普通的囊肿要快，同时还可能会影响女性的生育功能。