卵巢囊肿和子宫内膜异位症有关系。因为女性如果发生子宫内膜异位症状，子宫内膜异位到卵巢，就比较容易引起卵巢出现巧克力囊肿。

女性如果患有巧克力囊肿，因为异位到卵巢的子宫内膜也会随之月经周期 ，发生周期性出血，引起明显痛经症状。所以女性如果患有卵巢囊肿，需要配合医生做进一步检查，确诊是否是巧克力囊肿。

如果确诊是巧克力囊肿，最好配合医生尽早手术切除，避免引起严重痛经，影响女性身体健康。而且巧克力囊肿如果不尽早手术治疗，也比较容易发生癌变。