药物治疗肥胖症的副作用，往往包括消化道反应、失眠、心慌及内分泌失调。

最常见的就是减肥药物，可能会导致对胃肠道的刺激，从而引发腹胀、便秘等消化道不良的反应，此外，减肥药物由于会加大机体对能量的消耗，可能会导致患者出现失眠以及心慌等身体不适应的表现。

最后，有些减肥药可能由于成分不明，可能会导致出现内分泌失调的表现，而内分泌失调又会反过来加重肥胖，所以说对于减肥药的选择一定要慎重。胰腺脂肪酶抑制剂是较常用的减肥药物，一般没有上述的其他不良反应，而仅仅表现为可能会导致腹胀等消化不良的表现。