针对衣原体感染常用到的药物主要为阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素等大环内酯类药物，上述药物的敏感性相对比较好，儿童与成人均可以使用。也要进行药敏试验，根据药敏试验的结果调整为敏感的抗生素进行治疗，有利于更快地促进身体恢复。

衣原体可侵犯不同的部位，引发不同的疾病。如果衣原体引起肺部感染，在应用抗生素的同时，还需要给予止咳化痰类药物。如果引发尿道感染，可以通过四环素进行治疗。

除此之外，还有一些中药对衣原体也具有不错的疗效，比如白芷、马尾草等，在用药之前需经面诊医师的指导，避免擅自用药。