首先，衣原体感染和支原体感染，虽然二者导致的疾病有相似之处，但最主要的区别在于各自的病原体并不相同。

衣原体分多种类型，常见的有肺炎衣原体以及沙眼衣原体等，不同类型的感染引起的疾病不同。机体一旦感染肺炎衣原体，能够导致肺炎的发生。而沙眼衣原体感染，会导致患者出现非淋菌性尿道炎，主要通过性行为进行传播。治疗上，一般以抗生素和糖皮质激素为主，出现合并症者，需要对症治疗。

支原体也分多种类型，肺炎支原体可引起肺炎，泌尿生殖道感染主要由生殖器支原体、人型支原体等引起。二者都能引发肺炎和泌尿生殖道感染症状，可以选择合适的抗生素缩短病程。