肛瘘手术以后有复发的可能。

肛瘘的手术原则是必须寻找到和处理内口，彻底清除感染的肛瘘、肛门腺导管、肛腺，是手术成败的关键。术前就要判断瘘管的大致位置，高位或者复杂性肛瘘可通过直肠内B超、核磁共振，了解瘘管的走向和位置，术中可以通过手指的触摸、银针的探查，明确内口，然后彻底的清除瘘管主管，包括支管以及死腔。

对于复杂性高位肛瘘，术前一定要做好风险评估，避免一次性切除，引起肛门失禁、排便困难、肛瘘复发等严重并发症。