月经第五天检查囊肿是比较准确的。因为囊肿分为病理性和生理性的两种。在月经的第5天卵泡还比较小，黄体囊肿没有形成，此时做B超检查是比较准确的，可以区分是病理性还是生理性的囊肿。

如果通过做B超检查囊肿消失了，说明是生理性的，不需要特别治疗。但是若囊肿还存在或是比较大就说明是病理性的囊肿，可以在医生的指导下服用中成药治疗。

病理性的囊肿一定要注意定期复查囊肿的大小，超过5厘米的囊肿容易发生蒂扭转、破裂等并发症，建议最好手术治疗。另外囊肿也有恶变的可能，需要进行肿瘤标志物的检查。