不同的原因引起来的睡眠呼吸障碍所服用的药物是不同的，而且不是所有的睡眠呼吸障碍都是服药能够治疗，需要根据病因的不同，所做出的治疗是不同的。

如果是甲状腺肥大或者是扁桃体、腺样体的肥大引起的睡眠呼吸障碍，经过综合的判断需要做手术的，应该及时的做手术。而如果是伴有甲状腺功能减退的，需要服用甲状腺素片。如果是鼻中隔弯曲引起的，也需要酌情做手术，吃药是不管用的。如果是鼻炎引起的，需要服用一些治疗鼻炎的药物。另外像肥胖或者是睡眠姿势不正确的，需要减肥以及纠正睡眠的姿势。

当以上的手段均不能治疗的时候，可以考虑用持续的气道内正压通气治疗。