指甲长在肉里面很痛，应该按以下方式进行处理：

1.指甲长在肉里面多数是因为甲床内翻导致，在甲床上长出指甲嵌顿在手指软组织内，形成嵌甲导致疼痛。这种情况下如果没有炎症表现，可给予局部修剪指甲后切除部分甲床，使指甲不再内翻生长可根治嵌甲。

2.指甲长在肉里面出现局部红肿、流脓表现，需要抗生素抗炎治疗。同时，给予化脓的手指切开引流，换药同时对指甲及甲床进行手术处理。在治疗过程中要保持手指干燥，定期换药直至伤口愈合。