肛瘘不做手术大多数情况下会越来越严重，静止期缩短，急性炎症期延长，并发症越来越严重。

对于新生儿肛瘘形成后，有可能自愈。采用肛门保持清洁干燥，便后及时清洗。如果有小脓点出现时，可以挑破，不建议使用抗生素。

成年人肛瘘患者因为括约肌功能已经发育完善，此时肛瘘唯一的治疗方式就是手术。只有通过手术才能彻底清除感染的肛窦、肛腺导管和肛腺腺体，达到痊愈的目的。不可以因为恐惧手术，完全依赖保守治疗，反复大量注射抗生素，于事无补，延误病情。