首先对于肛瘘的治疗主要是以手术治疗为主。如果肛瘘复发不治疗，症状有可能会越来越严重。因为肛瘘复发的症状主要还是表现为肛旁反复流脓水。由于局部炎症的浸润，可以使封闭的外口再次发生破溃、排脓，或者脓液有可能会穿透邻近的皮肤而流出，形成新的外口。脓液排出后，症状会消失，如此反复发作，可以形成多个外口及数条支管，支管可以互相沟通，肛周损害会进一步加重。有可能会使单纯性肛瘘变为复杂性肛瘘。