原发性巨球蛋白血症肾损害属于遗传性的疾病，由于基因缺陷导致体内的巨球蛋白特异性的升高。巨球蛋白的主要成份是Igm免疫球蛋白，巨球蛋白会在肾组织沉积，引起肾功能的损害。

巨球蛋白导致肾功能损害有多种机制。主要的病变是淋巴细胞样的浸润，同时伴有淀粉样的改变，还会发生免疫介导的肾小球肾炎。此外巨球蛋白导致高粘滞血症，可以导致肾脏的血液循环受阻，也会加重肾损害。所以巨球蛋白导致的肾小球损害，是综合因素引起的。