颅底凹陷症有先天性的。

颅底凹陷症主要是颅颈交界区的畸形病变引起的后颅窝变小以及枕骨大孔狭窄所导致的相关症状，颅底凹陷症可以分为先天以及后天两种因素引起的病变。颅底凹陷症主要是引起颅高压的症状以及相应的小脑、延髓受压迫、后组颅神经受损所导致的症状，颅底凹陷症也可以引起脊髓空洞症的出现，引起分离性感觉障碍及手指肌肉萎缩。

因此，颅底凹陷症一旦发现，建议早期行手术治疗，尽可能减少神经功能受损给患者带来的不便。