颅底凹陷症是有可能会影响到性功能。

颅底凹陷症是一种先天性的颅底发育畸形。如果凹陷程度不明显不会出现任何的症状，但是颅底凹陷症如果比较严重时，可能会压迫到脑干甚至导致小脑扁桃体下疝，而最终引起脊髓空洞症的逐渐发生。当脊髓空洞症发生时可能会导致分离性的感觉障碍，并引起肢体尤其是手指部位肌肉的萎缩。

随着病情的进一步发展，甚至有可能会出现性功能的障碍，表现为阳痿、勃起不能等症状。因此，对于颅底凹陷症引起的神经功能障碍者需尽早考虑手术进行治疗，避免神经功能进一步受损，并逐渐地恢复受损的神经功能。