颅底凹陷症会引起头痛，颅底凹陷症多是由于枕骨大孔周围的骨质，以及寰枢椎畸形病变而导致向后颅窝的突入引起的疾病。颅底凹陷症会引起后颅窝腔隙变小、枕骨大孔变窄而出现相关的一系列相关的症状。

颅底凹陷症因引起后颅窝的容积变小可以引起颅内压的增高，从而导致出现头疼、头晕、恶心、呕吐、视乳头水肿等颅高压的症状。其次，颅底凹陷症还可以引起小脑或脑干受压，后组颅神经受牵拉引起相应的症状，如平衡感丧失、步态不稳、眩晕、吞咽困难、声音的嘶哑、饮水呛咳以及肢体偏瘫、呼吸变化等一系列的症状。

颅底凹陷症需要早期发现、早期治疗，尽可能地减少相关后遗症的发生，并促使受损神经功能障碍的恢复。