肛门闭锁的治疗主要是为了解除肠梗阻，重建肛门直肠功能和切除瘘管，治疗主要是以手术治疗为主，手术治疗的方法主要根据不同的肛门闭锁，治疗方法也不一样

1.高位肛门闭锁：需要尽早手术，宜先行横结肠或者乙状结肠造口，待6到12个月后行骶腹会阴肛门成形术。2.中位肛门闭锁：宜在6个月左右进行骶会阴肛门成形术。对于无瘘和伴直肠尿道瘘的中位畸形患儿，应先行结肠造口，以解除梗阻的症状。3.低位肛门闭锁：可以考虑进行会阴肛门成形术，对无瘘或者有瘘但不能排便者，一般需在出生后一到两天内完成手术。