肛门闭锁的治疗，可以通过药物治疗，包括采用一些中药的治疗方法，目的就是改善患儿的症状，一般是起不到根本性治疗的作用。

肛门闭锁属于先天性的疾病，一般想要彻底治疗，还是需要通过手术进行治疗。如果是低位的新生儿的肛门闭锁，可以进行一期的修复手术。如果是高位的或者是中位的新生儿的肛门闭锁，一般是先进行造瘘的手术。

在患儿成长到3个月以后，或者是在较大一些时，再进行造瘘的还纳，以及肛门的成形手术。一般一些高位的或者是中位的闭锁，很难一次形成肛门，往往需要二期手术。