首先肛门闭锁是能够进行治疗的，其治疗原则主要是解除肠梗阻，重建肛门直肠功能和切除瘘管。手术的方式和手术时间需要根据肛门闭锁的类型以及有无瘘管而定。

1，高位肛门闭锁：需要及早进行手术，宜先行横结肠或者乙状结肠造口，待6到12个月后再行骶腹会阴肛门成形术。2，中位肛门闭锁：该类患儿宜在6个月左右施行骶会阴肛门成形术。故对无瘘和伴直肠尿道瘘的中位畸形患儿，应先行结肠造口，以解除梗阻症状。伴低位直肠阴道瘘者，因其瘘口较大，在一段时间内尚能够维持正常排便，则不必做造口。3，低位肛门闭锁：该类患儿可行会阴肛门成形术。对于无瘘或者有瘘但不能排便者，一般需在出生后一到两天内完成手术。对伴有较大瘘孔，出生后在一段时间内尚能够维持正常排便者，可于6个月左右实行手术。进行该类手术可能出现的并发症主要有肛门狭窄、肛门失禁、瘘管复发、泌尿系统并发症、粪便潴留综合症等。