大多数的特发性急性小管间质性肾炎患者的预后都比较好，但是如果患者的病理损害比较严重，或者患者治疗不及时、治疗方法不当时，可以遗留有肾功能不全而造成患者永久性的肾功能损害。通常对于特发性急性相关间质性肾炎吃糖皮质激素疗效比较好，一般来说使用的方法主要是根据患者的体重进行计算，通常每天每公斤激素的用量是0.5至1.0毫克，在4到6周内减量，激素使用时间不宜过长。当然如果糖皮质激素治疗2周以后无效或者肾功能继续进行性的恶化，可以考虑使用细胞毒类药物。另外，如果特发性急性小管间质性肾炎患者何必有少尿、严重的内环境紊乱的情况下，应该尽早开始透析治疗。