儿童窦性心律不齐首先应该明确原发病因，再针对性治疗，常见的为感染、贫血。

严重感染使得儿童产生病毒性心肌炎，会因炎症介质刺激心肌，影响收缩功能而发生心律不齐。需要做血培养，早期、尽快使用针对性抗生素抗感染治疗。

贫血儿童因生长发育和器官功能需要，需要加速血液循环满足营养需求，就会出现心脏搏动加快的心律不齐症状。最常见的是辅食添加不及时导致的缺铁性贫血，需要多吃动物内脏和维生素片缓解，并且加强蛋白质供给和户外运动，促进机体造血。