可以通过以下一些方法判断肛瘘瘘管的位置：

首先，可以通过体格检查判断，一些低位的肛瘘可以在肛周皮下触及条索状的肛瘘瘘管，根据瘘管可以初步判断内口的位置。

其次，肛周彩超或者磁共振检查。通过肛周彩超和磁共振检查，均可以大致判断肛瘘的瘘管位置以及数量，特别是磁共振属于肛瘘检查的金标准。

再次，瘘管造影以及重建。可以从瘘管外口注入造影剂并进行CT扫描，三维重建后就可以判断肛瘘瘘管的位置以及走形。另外，也可以通过探针自外口进入探查瘘管，明确肛瘘瘘管的位置。