大脑的核磁共振检查是一种常用的、有效的、科学的神经系统检查手段之一，能够查出海绵窦的血栓，另外海绵窦内的血栓，还可以通过脑血管造影或者是CT检查来明确诊断，磁共振不但能够查出头部里面的血管性病变，比如动脉瘤、动静脉畸形、血栓、梗死等。

还可以判断大脑内是否有肿瘤、是否有脑出血、大脑内是否有一些感染性病变，比如脑炎、脑脓肿、大脑的寄生虫等疾病。

有一些先天性的畸形、先天性的脑积水，通过磁共振检查也能够辨识出来。