核磁共振能够检查出脑积水。目前在临床检查的过程中，CT和核磁共振已被公认为诊断脑积水的可靠手段，能够比较好的明确判断脑积水的病因，并进行分类，而且能够区别是否是其他原因所导致的脑室扩大。

核磁共振比CT要更加优越一些，因为可以做直接的三维成像，特别是对头部的后颅凹区域。因为在矢状面扫描能够更好地显示中脑导水管，又没有颅骨或者是气枪所导致的伪影。

再就是核磁共振对人体没有辐射，对婴幼儿的脑积水的检查也比CT更加适合一些，所以目前核磁共振是用来检查脑积水是一种常用的方法。