在肠镜检查的过程中，由于肠镜本身对肠道的刺激以及需要注入一定的生理盐水或者气体，在检查之后出现一定程度的腹痛也是正常的现象。因为打了麻醉药可能当时没有疼痛，麻药药效过后就会出现疼痛。一般随着排气排便，症状会出现不同程度的缓解，最后消失。如果肠镜检查以后，腹部疼痛剧烈且持续时间较长，并出现黑便、血便，腹肌呈板样强直，伴有明显的腹膜刺激征时，这时应当排除是否出现肠穿孔。污染较轻、时间较短的肠穿孔可以考虑直接修补；而污染较重，有时还需要做造瘘，二期再进行手术根治。