卵巢的巧克力囊肿，又名卵巢子宫内膜异位囊肿。是子宫内膜异位症的一种常见类型。因为周期性的出血陈旧的血液聚集似巧克力而得名。子宫内膜异位症的发生主要有三种学说，种植学说，化生学说和上皮由来学说。

它的典型症状为痛经。是子宫内膜异位症最明显的症状，而且是进行性加重。性交疼痛也是一个明显的症状，可能还伴有点滴出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕和月经失调，在不孕的女性中子宫内膜异位症造成的不孕占有很高的比例，治疗要根据患者的年龄、症状、体征、病变范围以及对生意要求患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化的治疗。可以采取手术治疗和药物治疗。