低头时间长后脑勺疼的原因大致包括以下两个方面：

1.考虑是长时间低头，导致颈部进入颅内的血管，以及神经组织受压时间过久，后脑勺部位因血液供应不足，出现疼痛症状。建议及时调整头部姿势，适当按摩、推拿，帮助改善上述不适症状。

2.考虑是长时间低头导致原有的颈椎疾病加重，出现血压增高状况，表现出后脑勺疼痛症状。与既往患有颈椎增生，或者颈椎间盘突出等疾病有关。建议立即检查一下血压情况，明确诊断后遵医嘱对症降压药物治疗，帮助改善不适症状。