畸形吞咽困难的主要影响是吞咽困难、影响进食。

婴儿时期会因为畸形压迫，导致反流或喂食后误吸；成年后，会因为血管长期受压，甚至出现硬化，而导致血运障碍。如果压迫到气管，还会表现为气促和喘鸣，如导致食管长期受到压迫，还会引起食管受到损害，可能会发生食道癌。

畸形性吞咽困难，需要及时医院就诊。对于大多数症状轻的病人，一般不需要进行手术治疗；而对于一些症状严重的病人，应选择手术治疗，以改善吞咽或者呼吸困难等症状。大多数患者在及时手术后，症状可以得到明显的改善。