早上醒来老是头疼主要的原因如下：

1.睡眠原因。如果夜间睡眠不足、睡眠质量较差，早晨起床的时候会出现头疼的症状。当患者在深睡眠的时候被闹钟或家人叫醒，也会有头痛的症状，一般持续数分钟后会逐渐地缓解，严重时可使用止痛药物对症治疗。

2.发热。当细菌感染或病毒感染出现发热，会引起头疼。发热的时候人体的能量消耗，脑组织会出现缺血、缺氧，严重的时候会导致脑血管痉挛，会出现头痛。在治疗上首先应针对病因进行抗感染治疗，头痛严重的可使用布洛芬等药物对症治疗。