脑干损伤后的典型症状为意识障碍，主要表现为意识不清、昏迷等。如果是轻度的损伤患者，对于痛觉还会存在一定的反射。如果损伤较重，则没有任何反射。

如果脑干损伤合并有呼吸中枢损伤，还会使患者的呼吸出现异常，主要表现为呼吸变快、呼吸骤停等。如果是中脑部位出现了损伤，会使患者的瞳孔出现异常，主要表现为受损侧瞳孔散大，并且还伴有眼球运动受限。

此外，脑干损伤还容易引起上消化道出血、肺部感染、神经源性肺水肿等并发症，甚至会导致患者死亡。