脑干损伤的后遗症会有四肢活动不能，呼吸、心跳不稳定和昏迷等。

由于脑干是控制人体基本生命活动的中枢、上下神经联系的枢纽以及控制正常清醒状态的中枢，所以当脑干损伤后就有可能引起上述功能发生障碍。当经过治疗后上述症状可能完全地恢复，或者会伴有不同程度的后遗症的残留。当上下联系的神经损伤患者就会出现四肢活动的障碍；当心跳呼吸中枢受损的时候，就可能会出现呼吸、心跳的不稳定；当上行激活系统神经损伤后就会引起患者持续的昏迷等后遗症的发生。

所以，需要根据不同损伤的情况，判断可能会出现的后遗症。