脑干损伤是否会留有后遗症与脑干损伤的程度，及患者个人的体质等因素有关。如果脑干损伤程度比较轻，仅仅是脑干单发的点状出血，患者的身体素质比较好，送医比较及时，经过规范的治疗，患者可能会痊愈，不留有后遗症。

如果脑干损伤比较重，患者的身体素质比较差，送医不及时，患者神经功能缺损比较严重，虽然进行积极的治疗，患者也可能遗留有程度不同的脑神经功能缺损的临床症状。

因此，脑干损伤以后，大多数会留有不同程度的后遗症。仅有个别的情况下脑干损伤比较轻微时可能不留有后遗症。