肛门内阵发性刺痛最常见的原因是肛窦炎症。肛窦炎，大多是由于肛窦内感染物质积存，堵塞肛腺，致是肛腺腺液分泌不畅，引起局部的炎症。肛窦炎在临床上可以使用甲硝唑栓塞肛门，一枚，一天一次。另外还有可能是肛裂，肛裂会伴有便时肛门疼痛以及出血。也有可能是内痔局部感染或者血栓形成。还有可能是肛周脓肿。所以，患者出现肛门内阵发性刺痛时，应及时去医院就诊，明确形成的原因，再采取相应的治疗，以免造成比较严重的后果。